Οι αιτίες δημιουργίας των ορθοδοντικών προβλημάτων μπορεί να είναι γενετικές ή επίκτητες.
Παραδείγματα προβλημάτων με γενετικές αιτίες είναι τα εξής:
Επίκτητα είναι τα προβλήματα που αναπτύσσονται από εξωγενείς αιτίες και εξελίσσονται με το πέρασμα του χρόνου, όπως:
Άλλα παραδείγματα εξωγενών αιτιών που μπορούν να προκαλέσουν ορθοδοντικά προβλήματα είναι:
Μερικές φορές, το ορθοδοντικό πρόβλημα προέρχεται από ένα συνδυασμό επίκτητων και κληρονομικών παραγόντων. Η επιτυχία μιας ορθοδοντικής θεραπείας εξαρτάται απόλυτα από τη σωστή διάγνωση των αιτιών του προβλήματος.
Κανένα σαρκοβόρο ζώο (πχ.λιοντάρι, λύκος) μυρικαστικό (πχ.κατσίκα, άλογο), ψάρι (πχ. καρχαρίας, δελφίνια) ερπετό (φίδια, σαύρες) ή πτηνό δεν παρουσιάζει συνωστισμό στην οδοντοστοιχία του. Μόνο ο σύγχρονος άνθρωπος από το ζωικό βασίλειο παρουσιάζει ορθοδοντικά προβλήματα.
Παλαιοντολογικές και ανθρωπολογικές μελέτες έδειξαν ότι ο πρωτόγονος άνθρωπος σπάνια παρουσίαζε ορθοδοντικά προβλήματα. Η κατάτμηση και η μάσηση της τροφής που ήταν ωμή και σκληρή, γινόταν αποκλειστικά με τη χρήση των δοντιών, των σιαγόνων και των μασητήρων μυών.
Ο νεώτερος άνθρωπος με την επεξεργασία και το μαγείρεμα της τροφής (βράσιμο,ψήσιμο,λιώσιμο) και τη χρήση κοπτικών εργαλείων (μαχαιροπήρουνα, μίξερ, μπλέντερ) χρησιμοποιεί με λιγότερη ένταση το στοματογναθικό του σύστημα.
‘Ετσι σαν πρώτη συνέπεια της αλλαγής αυτής το μέγεθος των γνάθων άρχισε να μικραίνει και τα τριανταδύο δόντια (δεκαέξι στην άνω και δεκαέξι στην κάτω γνάθο) να μην χωράνε και να παρουσιάζονται προβλήματα συνωστισμού. Οι φρονιμίτες που είναι τα τελευταία δόντια που ανατέλουν, είναι πολύ συνηθισμένο λόγω ανεπάρκειας χώρου να μένουν έγκλειστοι στις γνάθους και να μην ανατέλουν καν. Σταδιακά η φύση προσαρμόζει τον άνθρωπο στην ελάττωση του μεγέθους των γνάθων όπως αναφέρει στη θεωρία του ο Δαρβίνος και οι νεώτερες γενιές αρχίζουν να έχουν λιγότερα δόντια.
Έτσι όλο και σε πιό πολλά παιδιά σήμερα αντί για τριανταδύο δόντια υπάρχουν εικοσιοκτώ ή και εικοσιτέσσερα (αγενεσία μόνιμων δοντιών). Στατιστικά πιό συχνά λείπουν συνήθως οι φρονιμίτες, μετά οι δεύτεροι προγόμφιοι και ακολουθούν οι πλάγιοι τομείς. Όσο και άν φαίνεται παράξενο η σύγχρονη ορθοδοντική προσπαθεί να ξαναδώσει στο σημερινό άνθρωπο το χαμόγελο των πολύ μακρινών προγόνων του.